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[Gaussian/gview]
高斯运行提示内存不足
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sai77
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发表于 Post on 2021-9-17 09:14:10
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新配了台服务器，内存192GB，系统CenOS 7.9。
昨天用PBS提交了两个任务，每个任务分配了20GB内存。
结果早上过来发现其中一个任务报错，提示galloc: could not allocate memory
请问这是怎么回事？谢谢
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exity
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发表于 Post on 2021-9-17 09:52:00
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free -h看看内存总量和使用情况。
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独舞的印迹
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发表于 Post on 2021-9-17 09:58:03
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查一下计算节点的内存使用情况，应该是其他人算东西吧内存占满了
既笨又菜，轻喷。
http://doc.liuyaoze.com
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sai77
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发表于 Post on 2021-9-17 10:18:48
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exity 发表于 2021-9-17 09:52
free -h看看内存总量和使用情况。
$ free -h
total used free shared buff/cache available
Mem: 187G 7.1G 177G 28M 2.9G 179G
Swap: 4.0G 0B 4.0G
现在没有任务运行。
昨天应该也就我的两个任务，还在测试期间，其他人还没登陆过服务器。
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发表于 Post on 2021-9-17 10:19:37
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独舞的印迹 发表于 2021-9-17 09:58
查一下计算节点的内存使用情况，应该是其他人算东西吧内存占满了
不会，服务器刚弄好，我还在测试，其他人还没登陆过
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exity
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发表于 Post on 2021-9-17 10:23:53
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sai77 发表于 2021-9-17 10:18
$ free -h
total used free shared buff/cache available
Mem: ...
把任务原子数，核心和内存分配贴一下看看。
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sai77
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楼主 Author|
发表于 Post on 2021-9-17 10:28:30
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一个简单有机分子的结构优化
43 atoms, 174 electrons, neutral, singlet
%nprocshared=5
%mem=20000MW
#PBS -l nodes=1:ppn=5
#PBS -l mem=20000mb
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发表于 Post on 2021-9-17 10:29:52
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sai77 发表于 2021-9-17 10:28
一个简单有机分子的结构优化
43 atoms, 174 electrons, neutral, singlet
%nprocshared=5
不好判断了，多跑跑，看看能不能重复出错误
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发表于 Post on 2021-9-17 10:43:48
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PBS别设置内存，直接在输入文件设置就行了
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发表于 Post on 2021-9-17 10:53:06
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分清MW和MB，主流机子上1MW=8MB。
你PBS只分配了大约20GB，Gaussian里申请了大约160GB。先排除掉这个因素再试。
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发表于 Post on 2021-9-17 11:50:35
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snljty 发表于 2021-9-17 10:53
分清MW和MB，主流机子上1MW=8MB。
你PBS只分配了大约20GB，Gaussian里申请了大约160GB。先排除掉这个因素 ...
但是输出文件里的信息
%nprocshared=5
Will use up to 5 processors via shared memory.
%mem=20000MW
----------------------------
Leave Link 1 at Fri Sep 17 08:24:04 2021, MaxMem= 20971520000 cpu: 0.2 elap: 0.0
MaxMem= 20971520000算下来正好是20000MB啊
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发表于 Post on 2021-9-17 12:06:32
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sai77 发表于 2021-9-17 11:50
但是输出文件里的信息
%nprocshared=5
Will use up to 5 processors via shared memory.
对，没错。
程序说，老子只看到20GB。哪里他妈的有160GB呀。
然后，就死翘翘了。
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发表于 Post on 2021-9-17 12:28:26
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红米饭1234 发表于 2021-9-17 10:43
PBS别设置内存，直接在输入文件设置就行了
我正有这个疑问想请教，如果输入文件和PBS里都设置了，运行的时候以哪个设置为准？
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发表于 Post on 2021-9-17 12:52:48
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sai77 发表于 2021-9-17 12:28
我正有这个疑问想请教，如果输入文件和PBS里都设置了，运行的时候以哪个设置为准？
这两个完全是两码事，作业系统管你的作业最多申请多大资源，多了不让。软件里面是设置软件本身要申请多大资源（尽管不一定真的真的申请这么多）。
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发表于 Post on 2021-9-17 12:59:28
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本帖最后由 snljty 于 2021-9-17 17:06 编辑
sai77 发表于 2021-9-17 11:50
但是输出文件里的信息
%nprocshared=5
Will use up to 5 processors via shared memory.
看Gaussian手册https://gaussian.com/defroute/，搜words，另外用搜索引擎了解一下字长的概念。
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